La flora está caracterizada por la intimpa (Podocarpus glomeratus) que crece por manchales formando bosques en las laderas. La presencia de vegetación a grandes altitudes da lugar a escenarios de gran belleza, que contrastan con las nieves perpetuas de las cumbres y con la aridez de los cerros circundantes. Así podemos encontrar hermosos parajes salpicados de gigantescos chochos (Lupinus sp.) con flores azules y herbáceas con flores amarillas conocidas como zapatitos (Calceolaria sp.), así como varias especies de orquídeas.
El santuario alberga dos lagunas, de las cuales la más espectacular es la laguna Uspaccocha que aparenta ser un gigantesco cráter. En sus aguas se reflejan las cumbres nevadas del Ampay.[1]El objetivo principal del Santuario Nacional de Ampay es la protección de un relicto de bosque de intimpa en asociación con fauna silvestre y las dos lagunas principales.
